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Alessandria d'Egitto, 391 d.C. Mentre la filosofa e astronoma Ipatia cerca di comprendere il mistero dei movimenti degli astri, i pagani che si raccolgono intorno al tempio di Serapide decidono di prendere le armi per vendicare le offese subite dal loro dio da parte dei cristiani, scatenando la reazione di questi ultimi. L'imperatore Teodosio impone la pace con il suo esercito ma consente la distruzione dei templi pagani. Nel 414 d. C., quando è vescovo della città Cirillo, analoghe rappresaglie e contro rappresaglie scoppiano fra cristiani ed ebrei portando alla espulsione di questi ultimi. L'anno dopo, quando il prefetto della città Oreste cerca di contrastare l'influenza del vescovo Cirillo, sarà Ipatia con la sua morte a subirne le conseguenza, per una forma di rappresaglia di alcuni monaci fanatici verso il suo ostinato paganesimo e l'influenza che essa esercitava sul prefetto.