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Sam Witwicky è diventato adulto, si è diplomato e sta cercando il suo primo impiego. Utilizza un'auto alquanto sgangherata che altri non è se non il suo amico robot Optimus Prime. Stanno per arrivare in città i suoi genitori yuppie che vogliono conoscere Carly, la sua nuova ragazza e tutto sembra avviato sui binari di una vita normale. Non è così: i Deception sono arrivati sulla terra per prenderne possesso e solo gli Autobot potranno aiutare gli umani nell'impari battaglia.....
In Afghanistan il comando americano decide, nonostante gli alti rischi evidenziati dal suo sofisticato sistema di rilevazione, di bombardare un villaggio credendo di eliminare un terrorista e causando invece una strage che scatena immediate rappresaglie nel mondo musulmano. Tre giorni dopo in America, Jerry Shaw, un giovane senza prospettive vissuto sempre all’ombra del fratello gemello di successo, e Rachel, mamma single che ha appena imbarcato il figlioletto su un treno in partenza per Washington, vengono catapultati da un misteriosa voce femminile in un intrigo molto più grande di loro…